Die Universität Zürich hat Werner Müller am 24. April 2021 zum Ehrendoktor ernannt. Der frühere Geschäftsführer von BirdLife Schweiz ist damit innert fünf Jahren bereits der zweite BirdLife-Vertreter, dem diese Ehre zuteil wurde: 2016 hatte die Vetsuisse-Fakultät Ernst Michael Kistler, den langjährigen Geschäftsführer von BirdLife Zürich, mit der Ehrendoktorwürde ausgezeichnet.