Pro Natura et le WWF, par leurs sections neuchâteloises et vaudoises, ainsi que BirdLife Suisse regrettent le manque d’ambition des cantons de Neuchâtel et de Vaud en ce qui concerne la protection du Creux du Van. Les trois associations souhaitaient une protection ambitieuse donnant une véritable priorité à la protection de la nature. Toutefois, afin de ne pas retarder encore la mise en place des mesures prévues, elles renoncent à recourir contre la levée de leurs oppositions tout en maintenant leur engagement pour une meilleure protection du site.